2018-2019절기 인플루엔자바이러스 감시는 2018년 9월 2일부터 2019년 8월 31일까지 운영되었다. 운영기간 내 전국 참여 의료기관에서 매주 월요일과 화요일에 내원한 인플루엔자 의사환자 및 급성호흡기 환자 중 8명 내외를 대상으로 호흡기 검체(구인두 및 비인두 도말물)를 채취하였다. 채취한 검체는 수송기관에 의해 시·도 보건환경연구원(전국 17개)으로 운송되었으며, 각 시·도 보건환경연구원에서는 다중 실시간중합효소연쇄반응(Multiplex real-time RT-PCR)법을 이용하여 인플루엔자바이러스 유전자형의 아형 검출검사를 수행하였다. 검출된 인플루엔자는 질병관리본부 바이러스분석과에서 특성분석(유전형, 항원형 및 치료제 내성)을 수행하였다. 2018-2019절기 동안 11,862건의 인플루엔자 의사환자로부터 1,814건의 인플루엔자바이러스를 검출(15.3%)하였으며 A(H1N1)pdm09가 760건(66.7%), A(H3N2)가 379건(33.3%)으로 확인되었다. A(H1N1)pdm09의 경우 백신주와 유사한 유전형 및 항원형을 보였으며 A(H3N2)의 경우 3C.2a.2 하위 계통군(subclade)의 유행으로 백신주와 72.2%의 항원형 일치율을 보였다. 인플루엔자 B형의 경우 주로 Victoria 계열이 검출되었으며 162-164번째 아미노산 탈락(deletion)으로 인하여 백신주 항원성과 차이가 나타났다.